Nature Methods：“鱼”与“熊掌”兼得？！MAPIT-seq，同时绘制单细胞RBP-RNA互作图谱与表达谱
研究人员开发了一项名为MAPIT-seq的新技术，它如同一位能潜入细胞内部的“分子侦探”，不仅能精确绘制出特定RBP在原位与哪些RNA分子发生了接触，还能同时拍下整个细胞的基因表达“全景图”。
Nature Methods：基因“看见”形态，图像“听懂”基因：OmiCLIP如何打破生命科学的“巴别塔”？
研究团队开发了了 OmiCLIP，一个革命性的视觉组学（Visual-Omics）基础模型（Foundation Model），它首次实现了组织病理图像与空间转录组数据的深度对话。
Nature Methods：解锁类器官“数字孪生”！高速、精准的3D分析新范式
从静态的3D快照到动态的4D生命电影，数字化类器官技术正带领我们一步步揭开复杂多细胞系统的神秘面纱，加速科学发现的进程。
Nature Methods：长读长测序“去伪存真”！SAVANA如何颠覆癌症基因组分析的传统认知？
SAVANA让我们能够以前所未有的精度，窥探癌症基因组的“变形记”，从而为开发更有效的诊断方法、更精准的治疗方案，乃至最终战胜癌症，奠定了坚实的基础。
Nature Methods：“双剑合璧”！SUM-seq重塑单细胞多组学图谱，引领科研新范式
SUM-seq作为一项创新的单细胞多组学分析技术，以其前所未有的成本效益、可扩展性和超高通量，超越了现有方法在同时捕获染色质可及性和基因表达方面的表现。
Nature Methods：解锁细胞宇宙的“星图”——scvi-hub如何将海量单细胞数据“浓缩”到你的笔记本电脑里？
如果说单细胞数据是浩瀚的宇宙，那么细胞图谱就是我们绘制的星图。scvi-hub所做的，就是将这幅无比庞大、复杂的星图，转化为一个轻便、智能、人人可用的“数字天文馆”。
Nature Methods：里程碑突破！研究人员将百万碱基人类DNA植入小鼠胚胎，现场直播生命“开机”过程
这项研究为基础生命科学的探索打开了一扇全新的大门。我们终于有能力创造出完全“洁净”的遗传物质，去研究那些最根本的生命问题：染色体是如何组织和折叠的？基因组的稳定性和表达调控是如何从零开始建立的？
Nature Methods：从“我猜”到“我证”的进化——当AI学会主动查资料，我们离“可信科研伙伴”更近一步
该研究介绍了一位全新的AI智能体——GeneAgent。它不仅仅是一个被动的知识问答机器，更是一个主动的探索者和验证者。
Nature Methods：西湖大学申怀宗/原发杰开发冷冻电镜AI基础模型，“一键式”洞见生命分子结构
该研究开发了用于冷冻电镜图像处理的 AI 基础模型——Cryo-IEF，并基于此构建了完全自动化的端到端“一键式”数据处理流程——CryoWizard。
Nature Methods：从“猜”到“预见”——AI模型PUPS揭示单细胞蛋白质定位的秘密
PUPS作为一款结合蛋白质序列和细胞图像的新型AI模型，不仅能准确预测未知蛋白质在未知细胞系中的定位，还能揭示蛋白质定位在不同细胞系和单细胞层面的变异规律，甚至预测突变对定位的影响。